陶侃于江中设置数百枚水雷，陆续引燃后，爆裂开来，给周边晋船造成了极大的损害，别说走舸等小船了，激浪即可倾覆，即便蒙冲斗舰甚至楼船，近距离挨一下，船舷也可能碎裂，产生短时间内难以封堵的破漏。
这也算是彭晓之功了，经过他的反复试验，已然大大增强了黑火药的爆炸力，并在裴该的授意下，将燃烧药和爆炸药明确区分开来。
于是晋军舟船，便在一声继一声的惊雷震响中，陆续破损甚至于倾覆。更要命的是，雷区基本上固定，但晋军船队则是在前进中的，于是从阵首逐渐向阵列中心炸响，最终竟连王敦的坐舰都未能幸免。
王处仲及时下令放锭停船，重整队列，但舰队正在顺水航行之际，不是你想停就马上能停下来的。于是前军多败，中军急停，后军就势撞将上来，导致阵列更为混乱。一时间舟船翻覆的、倾斜的、相撞的，乱作一团，水兵陆续惊呼着跃入水中，以期泅渡上岸，脱离这一片莫名其妙的死地。
好在水雷数量终究有限，而晋船数量庞大，即便全数顺利爆炸，且一雷专炸一船，也不可能全都分配得到当然啦，对于那些小船，往往一雷炸响，周边数丈之内，数舟倾覆倘若给王敦以足够的时间，是应该能够重整军势，虽遭大损而不至于崩溃的。
只是陶侃会给他足够的时间吗？
陶士行早就做好了准备，并且计算好了时间，他使小部继续对战沈充，而亲将主力回转身来，扬帆摇橹，航向上游，恰好在“雷”声已息，而晋船混乱未收之时，汹涌杀至。照理说逆水行船，战斗力要远不如顺水之敌，但问题晋舟多覆，哪怕没有破损的也都忙成一团啊，以整击乱，岂有不胜之理？
更重要的是，直到这会儿，晋兵还搞不明白究竟发生了什么事儿呢。他们从来连听都没听说过火药武器部分将领可能通过来自北方的情报，心里有些数但闻雷响，船便大震而覆，都以为是什么鬼神之力，基本上全都吓破了胆，哪里还能执弓矢、戈矛御敌啊？
由此晋军大败，王敦几乎不能幸免他乘坐的是大楼船，掉头为难，被迫与钱凤等换乘斗舰，才以自家破损的舰船为盾，狼狈逃出生天，一口气跑回武昌去了。王应的位置比老爹要靠前，所乘楼船本来就中雷破损了，复为华船上大拍杆直接击碎舰首，乃翻覆落水，为华兵所擒。
至于其副将，也是姑夫郑澹，则受创落入江中，没能活着捞起来……
陶侃既破敌军主力，随即回师，再战沈充。这会儿武昌、柴桑舟师大败的消息也传了过来，导致芜湖方面士气大落，兵无战心，沈士居无奈之下，只得弃守东下，去会合邓岳守备石头城了。
这时候华朝中、西两路兵马，已然水陆并进，攻克了沙羡，迫近武昌。武昌城内，一日三惊，直到王敦归来，人心才稍稍安稳一些。
王敦使人往觇华军动静，回报说帆樯遮天，旌旗蔽日，不下五万之众。而王敦点检武昌内外兵马，只剩下了战船不足三百、步卒将将万余……
其掾何充劝说道：“事不可为矣。今明公以败残之军，欲遏华人东来尚且为难，况乎重整旗鼓，往救建康啊？若建康陷，则明公既失大义，士卒亦无战心，到时候晋王命一介使来释兵，明公何以自处？不如就此归降于华，或者华主顾念明公清华显贵，前朝武皇帝之婿，曾为国家镇定江南，而肯善待之……”
钱凤在旁呵斥道：“我等皆为晋臣，次道何出前朝之语？！”
何充亦戟指钱凤，喝道：“晋早已禅华，如何不是前朝？天下大势，原本分明，都是汝等愚昧之人贪弄权柄，冀图侥幸，乃陷明公于此艰危之地！今千帆东向，止百橹败回，汝为参谋，不知羞耻，难道还觍颜欲苟活于世上么？！”
钱凤大怒，便欲拔剑来砍何充，却被王敦给劝止了，说：“次道亦出爱我之心，方为此语，何必怪责啊？”终究何充是尚书、光禄大夫何桢之孙，论家世比钱凤显赫多了，那他又怎能眼睁睁瞧着钱凤杀害何充呢？我再怎么宠信钱士仪，也总得讲个士庶高下吧。
但他随即又对何充说：“我既决心拒华，又岂能半途而废啊？裴该于我为晚辈，我终不能向其屈膝。”于是打点精神，重整兵马，固守武昌，以拒华师。
华军水陆并进，主将乃是陆衍。按照原本的规划，西、中两路军汇合后，陆衍即从甄随指挥，待破武昌，航向上游，再受陶侃节制没办法，甄随名位常在陆衍之上，若陆和在，或尚可与甄随相拮抗，陆衍是根本压不住那蛮子的。
只是甄随跑去江南打应詹了，陆衍就此获得了指挥权，一路势如破竹，直取武昌。舟师先至，王敦乘船来迎，逆水而击，大败华军，焚毁包括一艘连舫在内的六十多条战船终究从巴中出来的船队，论数量尚不如败残之晋师，而论起水兵素质来亦远远不如，最关键的，没有能够指挥舰队作战的能将主持啊。
陆衍闻报大怒，当即斩杀两名校官以正军法，随即命舟船退守沙羡，他自将步军自江南挺进，而命姚弋仲将骑兵自江北绕路，复从蓟春西面涉渡，两路包夹武昌。
武昌西北有来山，西南有鄂县，与郡城呈犄角之势，王敦分兵守护。双方激战四日，陆衍首先攻取了来山，即从山上向武昌城内发射火箭，迫使王敦只能闭门固守又三日，与姚弋仲部相策应，攻克了鄂县。
两处险要既失，则武昌城有如瓮中之鳖倘若不是背靠长江，舟师尚能策应，估计不用打便自破了。但王敦亦非无能之将，便仗着舟师援护之力，坚守城池，陆衍竟然百计难克。
不久后，甄随击破应詹，遣归蛮兵，亦向武昌而来，得讯大怒，说：“陆衍好不济事，这般坐守之寇，竟然都拿不下吗？”即命士卒砍木做筏，堆满柴草，点燃了一大片一大片地往武昌附近江面上漂去，然而王敦严加戒备，亦使火筏不能建功。中游的战事，就此陷入胶着状态。
然而此时，陶侃已率船队逼近了建康，沈充拼死来拒，但船数既寡，又当下游，根本就抵挡不住。最终他被迫乘坐小船，东逃到丹徒上岸，随即领着数十家兵，逃回老家吴兴去了。
剩下邓岳独木难支，被陶侃水师封锁江面，先破白鹭洲，复压缩于石头城内。随即水师便一船一船地，把江北华军陆续送抵了南岸。
消息传来，庾亮还欲奉司马睿南逃吴兴，往依沈充，但司马睿却说：“大势已去，何必再让孤受此颠簸奔蹿之苦，江湖亡命之累呢？且沈士居岂是可信之人？！”正好华朝的劝降使节也到了，正是那位当年从建康狼狈逃蹿出去的刘隗刘大连，他拍着胸脯保证，绝不会伤害司马睿一家，司马睿乃道：“大连我故吏也，绝不肯欺我。”就此肉袒自缚，领着王导、周顗等人出降了。
庾亮本不愿相从，还打算孤身落跑，刘隗派人去安慰他，说：“元规昔日宽纵之德，令弟稚恭已明告于我，则我必有报元规，不使罹罪然元规若走，吾无能为力矣。”庾亮这才跟随在司马睿、王导身后，同往华营而去。
陶侃弃舟登岸，旋即出迎，亲解司马睿之缚，说：“微大王，臣无今日且大王虽然拒江抗命，实为宵小所挟，非本意也。”司马睿流涕道：“吾实感念陶公厚恩……”
他也明白，倘若华军主将不是陶侃，而是那票北人尤其是出身低微，从前不识其名，跟着裴该才得荣显的北方将领多半一登岸就会直接杀入建康城，而不会先派刘大连来劝降了。
陶侃言及“宵小”之时，王导、庾亮等皆不敢抬头，且面有愧色。随即陶侃左右望望，问：“吴兴王既在，何不见太妃啊？”不等司马睿回答，他急忙又道：“也是，吾当亲往拜谒太妃。”
临行前商议如何处置江南诸人，裴该的意思很明确：“南人任卿所为，北人皆当送归洛阳，由朕处置。”他不打算多所屠戮，尤其王导等人勉强也算可以受任郡县的人才了，杀之可惜则侨客只要全都押归中原，而又不许归籍，别择地方安置，就等于掘了他们的根啦，还能够再形成一大势力，从而影响到国计民生吗？
从此天下，唯有太原王，而再无琅琊王也。
至于南人，主要指的是江南豪族，那根儿就不怎么好掘了，只能先阻止他们夺占侨客北归之后空出来的土地，再设谋徐徐削弱之。倘若过于苛待南人，恐怕会引发江南地区的局面长期不得稳定，甚至于南北之间的仇恨你光顾着老百姓没用啊，老百姓太容易被地方豪族所裹挟了。
然而陶士行本身就是南人，则他不管是出于公心也好，为报私仇也罢，想要挑一些豪族出来显戮以立威，裴该是乐见其事的。
此外，裴该特意关照陶侃，说：“绝不可伤及朕姑母，当奉其还洛，与朕相会。”
所以陶侃在受降之后，领兵进入建康城，就第一时间跑去吴兴王府别院，拜谒太妃裴氏。裴氏命裴仁出来挡驾，说：“晋已亡，则吾唯一老妇而已，岂能克当陶公之拜啊？”陶侃请裴仁转述其言，说：“夫人为天子姑母，天子无日不思念夫人，乃至垂泣，于其孝心，臣等亦感同身受。天子有命，请夫人过江，赴洛相会，夫人勿辞。”
裴氏回复道：“我司马家妇人，不应再归父族。”
陶侃则说：“今司马家人，皆当入槛而押赴洛阳，司马冲亦不能外。夫人若归父族，臣当备华车，恭送夫人祖孙，归与天子相见若仍自居司马家妇人，则请交出司马冲来。”他不敢说你也应该以俘虏和罪人家眷的身份北归，只是一口咬定了司马冲。
裴氏至此，才终于不再矫情了，于是召陶侃入见，随便对答几句，并且希望陶侃于路善待司马睿等人。陶侃应诺后，便即备下车乘，派刘隗、刘遐押送建康诸人北上。
当然啦，他没把司马睿乃至王导、庾亮等人全都塞进槛车里去，只是各家子弟、眷属，乃至奴婢，好几千人一并启程上道，难免哭号洒泪，听着也挺让人鼻子发酸的。司马睿在车中哭道：“是吾不德，乃至僚属如此，吾岂能再安居车中啊？”执意要出来，跟旁人一起步行，却被刘遐质问他：“阁下不愿坐车中，乃欲寻机逃亡么？”司马睿这才不敢再多事了。
事先陶侃便请司马睿写下敕书，命邓岳、王敦等人放下武器。邓伯山得敕后，放声大哭，但也只得打开石头城，率部出降。再数日，敕书入于武昌，王处仲仰药自尽，钱凤、何充等降于甄随。
甄随接受了何充的投降，同样将其并家眷等一起押送洛阳，但根据陶侃的命令，当即将钱凤于军前处斩因为据说，王敦之所以抗拒王师，就全都是这个钱凤挑唆的。当然啦，王敦自有主意，仅仅钱凤一人，是不可能摇其心志的，可谁叫钱凤最受其宠信，又曾经杀刁协而逐刘隗呢？刘大连在出征前就恳求过裴该，说：“臣从定江南，无他愿，唯请族钱凤、沈充。”
裴该当时的回复是：“妇孺无罪，而何言族啊？唯彼二贼之头，朕必为卿取下，以告慰刁玄亮在天之灵。”
再说沈充逃归吴兴后，还打算召集家兵据守，却为吴兴太守张茂张伟康诱捕，押赴建康，陶侃即下令斩首示众。
陶侃在江南时，因为出身低微，好不容易爬将上来，平素最是与人为善，除了痛恨王敦外，在南方没有什么仇家，故而只从裴该之命，显戮钱凤、沈充，没再追究第三个人实话说裴该听闻后，多少有点儿失望。
但“江东之豪，莫强周沈”，如今周氏已亡，唯余沈氏，此前即为晋痈，日后也恐为华朝之患，所以陶侃命陆和兵进吴兴，把沈家彻底给抄了，子弟家眷，第二批押解北去，庄客佃农，散为国家编户。